良好的教学秩序需要教师的用心经营。就目前科学课的课堂教学现实而言，教师要坚持“学生是科学学习的主体”和“探究是科学学习的主要方式”这两条教学基本原则，在具体的教学细节上加强对学生常规学习行为习惯和科学学习方式的指导，努力做到让学生“活”而不“乱”，让课堂“动”而不“闹”。
一、有人考察过国外的小学科学教学，他们发现儿童上科学课时总是很安静，说话声很小，这既是个人素养的良好表现，也反映了教学状态之有序。难道我们的儿童天生是个吵闹者？其实不然，他们小时候也会一个人安安静静地摆弄玩具，也会用半天时间痴迷地看小蚂蚁爬动……浸泡在科学的世界中乐此不彼。回归安静，表面上看只是强调了教学秩序在“声音”这一维度上的表现，有的人甚至会批评安静的课堂背后隐喻着“思维的停滞和情感的冷漠”，但我们同样难以想象，在高分贝的环境中学生保持思维的连贯性和情感意志的理性。心理学研究成果表明：安静沉稳的心态有利于孩子提升思维的广阔性和深刻性。他们天生是个探究者，是个倾听者。说得严重些，正是我们的教学把他们变成了一个个会吵会闹的无蛮婴孩。值得注意的是，回归安静的课堂与重返死气沉沉的课堂是完全是两回事。
二、“有序”与“和谐”无疑是相近的两个词。课堂做到了和谐自然也就有序，之所以无序，正是因为课堂中出现了许多不和谐的音符。不懂谦让，不肯倾听，不愿顺从……，这些现象多了，教学秩序便无法保证，更别谈教学的灵动性和流畅性了。孩子的个性的确需要尊重，只是不要让它演变成培植自我主义的温床。学生的自我中心倾向如果不能够得到有效地约束，合作、沟通、交流、评价都陷于形式，甚至连形式也很难堪实现。表现欲强固然是小学生的心理特征，但如果不加以调训则更不利于他们日后的学习和心理成长。“调则和谐，放则滋生”，教学中合理的感化和引导是教学中必不可少的，其长远价值不言而喻。
三、有思维的课堂总是让人感觉上去很有品质和力量。相反，缺少了思维弥漫的课堂，不管教学设计有多么精巧，感觉上去总觉得缺少了一股“精气神”。当学生忙于思维的时候，还有谁会去担心教学秩序的问题呢？特级教师与普通教师所执教的科学课，其最大的特质就在于能够牢牢地抓住学生的心灵，不断地推动他们去思考和联想。也许他们的教学手段是如此的传统无奇，又或许他们为学生准备的器材很平常，但他们却总能在教学的不经意间暗置玄机，在一波又一波地探究与设问中把学生引向最终的目的地。有一点是应当明确的：科学课上的探究活动并不是越多越好，也并不是越热闹越好，在活动中最好能有思维上的训练参插其中，这样的科学课才显得有份量。
四、不管是以前的自然课，还是现在的科学课，只要教师说一声开始实验，用不了一秒种，我们的学生便会一站而起，簇拥一团，这似乎成了这门学科无法摆脱的鲜明印记。很多教师对于出现这种情形都无计可施，自然也只能由学生去“自主探究”了。甚至有人说：“只要学生有兴趣，上桌子也不要紧。”此话过矣！现在的问题不是扶植学生的兴趣，而恰恰是如何更好地利用学生对探究活动的高度热情。勿须讳言，学生过度强烈的参与意识所带来的已不再是探究价值的提升，相反已经拖滞了科学学习的效率。蒙台梭利曾说：“孩子的自由，就其限度而言，应在维护集体利益范围之内；就其行为方式而言，应具有我们一般所认为的良好教养。因此，只要孩子冒犯或干扰他人，有不礼貌或粗野行为，就应加以制止。”